香港医学博物馆专题陈列自1996年开幕起，香港医学博物馆曾主办、合办以及协办20个专题展览，展期由一个月至一年不等，包括香港医学历史、中医药、医学专科（如眼科、骨科、放射科、牙科、精神科、麻醉科、心脏科）、疾病（如肝炎与肝癌、肺结核、子宫颈癌和不孕症、SARS）、医疗机构（如雅丽氏何妙龄那打素医院、香港家庭计划指导会）等
其中较大型的展览有《中医药展览暨研讨会一迈向新纪元》《孙中山先生求学时期香港医疗与社会历史展览（1883—1892）》《运动与健康一现代社会的新思维与新科技》，展览占地面积100—160平方米
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