中国科学院自然科学史研究所科研成果自然科学史所自成立以来迄今共发表学术论文6000余篇，出版学术专著近500余部，获得多项国家和中国科学院自然科学奖、多项部委科技成果奖以及中国图书奖
近年来突出成果包括编撰出版《中国科学技术史》（26卷）、《中国科学技术典籍通汇》（10卷50分册）、《中国近现代科学技术史》与《中国近现代技术史简史》等，以及《夏商周断代工程》的天文断代研究，对世界著名实验室的研究，关于重要发明的起源和传播的研究，参与制作《龙腾》大型系列片等
已经完成的重大课题有《中国天文学史大系》、《中国物理学史大系》、《中国传统工艺全集》（19卷）、《中国古代工程技术史大系》、《中国近现代科学技术史研究丛书》（47册）等
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