安徽医科大学院系设置截至2022年，学校现有梅山路、翡翠路、东校区等3个校区 

学院设置拥有研究生学院、基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院、卫生管理学院、药学院、护理学院、马克思主义学院、生命科学学院、生物医学工程学院、第一临床医学院、第二临床医学院、巢湖临床医学院、国际教育学院、人文医学学院、继续教育学院、第五临床医学院、精神卫生与心理科学学院、法学院、临床药理研究所以及安徽省转化医学研究院 

安徽医科大学研究生学院安徽医科大学基础医学院安徽医科大学公共卫生学院安徽医科大学口腔医学院安徽医科大学卫生管理学院安徽医科大学药学院安徽医科大学护理学院安徽医科大学马克思主义学院安徽医科大学生命科学学院安徽医科大学人文医学学院安徽医科大学生物医学工程学院安徽医科大学第一临床医学院安徽医科大学第二临床医学院安徽医科大学巢湖临床医学院安徽医科大学阜阳临床医学院安徽医科大学第五临床医学院安徽医科大学继续教育学院安徽医科大学国际教育学院安徽医科大学临床医学院（独立学院）更新至2022年 附属医院截至2022年，学校有5所直属附属医院，9所非直属附属医院

拥有临床学院达50余所，实践教学基地90余所   

直属附属医院安徽医科大学第一附属医院安徽医科大学第二附属医院安徽医科大学附属口腔医院安徽医科大学附属巢湖医院安徽医科大学附属阜阳医院非直属附属医院安徽医科大学第三附属医院（合肥市第一人民医院）安徽医科大学附属合肥医院（合肥市第二人民医院）安徽医科大学附属心理医院（合肥市第四人民医院）安徽医科大学附属宿州医院（宿州市立医院）安徽医科大学附属安庆第一人民医院（安庆市第一人民医院）安徽医科大学附属阜阳人民医院（阜阳市人民医院）安徽医科大学附属亳州医院（亳州市人民医院）安徽医科大学附属滁州医院（滁州市第一人民医院）安徽医科大学附属六安医院（六安市人民医院）更新至2022年 

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