中国科学院上海药物研究所获得荣誉2015年2月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第四届全国文明单位”荣誉称号
2021年12月15日，全国科技系统抗击新冠肺炎疫情表彰工作领导小组办公室公示中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室、中国科学院上海药物研究所抗新冠肺炎应急药物研发攻关团队为全国科技系统抗击新冠肺炎疫情先进集体拟表彰对象
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