中国农业科学院棉花研究所合作交流截至2017年2月，在国际合作方面，该所已先后与中国之外的15个实验室建立长期合作关系，每年约有40人次进行互访和学术交流；该所与澳大利亚联邦科学院开展RNAi等合作研究；与西澳大学闫桂军实验室开展棉属分类与进化研究的合作；与荷兰瓦赫宁根大学开展棉花高效栽培与病虫害防治研究；与印度棉花协会开展品种交换；与越南、巴基斯坦开展杂交棉利用、人员培训合作；从巴西引进资源，合作开展线虫研究；与塔吉克斯坦农业大学签署战略合作协议；与巴基斯坦信德农业大学签署农业科技研究的合作备忘录；与美国德州理工大学签订了战略合作协议；在吉尔吉斯斯坦组建了中亚综合试验站；从非洲各国引进种子资源，与隆戈大学签署合作备忘录

 截至2017年2月，在国际学术交流方面，该所举办（承办）重要国际会议2次

其中：国际棉花基因组大会（2008年7月）有来自中国、美国、印度、澳大利亚、法国、巴西、巴基斯坦等12个国家260余名棉花科学家或会议代表；第十二届全国植物基因组学大会（2011年9月）有这个中国国内外500多名知名专家和学者；另外，还举办了第四届亚洲棉花研究与发展大会（2008年9月，150人）等重要学术会议

此外，加大与中国以外的专家学术交流，每年邀请10余名来自美国、加拿大、澳大利亚、巴西、巴基斯坦等国的专家来该所交流合作，每年委派20余名科研工作者赴中国以外在棉花种质资源、作物遗传育种、生物技术、作物栽培与生理生态及病虫害防控等领域开展学术交流或合作研究

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