中国农业科学院蜜蜂研究所研究部门据2017年10月研究所官网显示，研究所拥有3个国家级科技创新平台、1个农业部重点开放实验室、2个农业部质量监督检验测试中心、1个农业部质量安全风险评估实验室、1个中国农业科学院重点开放实验室，2个所属公司，下设7个研究室，中国养蜂学会挂靠蜜蜂所
国家级科技创新平台：国家蜂产业技术研发中心（蜂产业技术体系）、国家农产品加工技术研发中心蜂业分中心、国家蜜蜂种质资源保存中心农业部重点开放实验室：农业部授粉昆虫生物学重点开放实验室农业部质量监督检验测试中心：农业部蜂产品质量监督检验测试中心（北京）农业部质量安全风险评估实验室：农业部蜂产品质量安全风险评估实验室（北京）中国农业科学院重点开放实验室：中国农业科学院授粉昆虫生物学重点开放实验室所属公司：北京中蜜科技发展有限公司、北京中农蜂蜂业技术开发中心研究所研究室：蜂资源与遗传育种研究室、蜜蜂保护与生物安全研究室、蜜蜂饲养与蜂业机械研究室、昆虫授粉与生态研究室、蜂产品研究室、蜂产品质量监督检验测试中心、蜂业经济信息中心
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