中国医学科学院医学实验动物研究所科研平台据2019年4月研究所官网资料显示，研究所设有实验动物资源研究中心、比较医学研究中心、病原实验研究中心、医学转化研究中心
研究所设有3类支撑平台，分别是资源类平台（基因工程动物创制平台、感染性疾病实验平台、实验动物质保平台、北方实验动物资源平台、悉生动物资源平台、实验动物手术平台），模型分析平台（实验动物影像分析平台、实验动物病理分析平台、实验动物行为分析平台、实验动物免疫分析平台），药物转化平台（药物临床前评价平台、干细胞临床前评价平台）
研究所设有传染病模型北京重点实验室、实验动物质量检测中心（卫生部）、国家实验动物质量检测中心、国家中医药管理局人类疾病动物模型三级实验室、国家卫生健康委员会人类疾病比较医学重点实验室
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