中国热带农业科学院环境与植物保护研究所科研部门根据2019年3月研究所官网显示，中国热带农业科学院环境与植物保护研究所科研组织机构分海口科技创新中心与儋州所部科技中心两部分，设有研究室8个，课题组（团队）20个，挂靠科技平台10个，试验基地3个

 农业部科研平台（2个）：农业部儋州农业环境科学观测实验站、农业部热带农林有害生物监测与控制重点实验室 海南省科研平台（6个）：海南热带植保产业技术创新战略联盟、海南省热带农业有害生物检测监控重点实验室、海南省热带作物病虫害生物防治工程技术研究中心、海南省植物流动医院、农业科技110服务站、中美热带农业植保联合研究中心 院属科研平台（2个）：中国热带农业科学院环境影响评价与风险分析研究中心、中国热带农业科学院热带生态农业研究中心 所属研究机构（8个）：植物病害研究室、农业害虫研究室、资源昆虫研究室、农业环境研究室、生态农业研究室、入侵生物与杂草鼠害研究室、生防与农药研究室、橡胶植保研究室 实验基地（3个）：儋州成果转化与科技服务基地、环植所文昌试验基地、农业部儋州农业环境科学观测实验站 

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