萧遘累职拜相咸通十四年(873年),韦保衡获罪赐死,萧遘被征召回朝,担任礼部员外郎,改任考功员外郎、知制诰
乾符元年(874年),萧遘被任命为翰林学士、中书舍人,后累迁至户部侍郎、翰林承旨
广明元年(880年),黄巢起义军进犯长安
唐僖宗出逃,任命萧遘为兵部侍郎、判度支,让他掌握财赋
中和元年(881年),唐僖宗到达西川
萧遘被任命为中书侍郎、同平章事,并兼任吏部尚书
中和三年(883年),武宁节度使时溥中毒,怀疑是判官李凝古所为,因此将其杀死
李凝古的父亲李损时任右散骑常侍,时溥便声称李损与李凝古同谋
当时,宦官田令孜收受时溥贿赂,便命御史台审讯李损
萧遘奏道:“李凝古投毒,本就事实不清,他父子离别数年,音讯不通,怎会是同谋?时溥恃功乱法,蔑视朝廷,欲杀天子近臣
如果依从他的要求,朝廷还怎么立足于天下!”李损因此免于一死
唐僖宗光启元年(885年),黄巢起义被平定
唐僖宗返回长安,萧遘被拜为司空,封楚国公
他自幼便志向远大,自负有王佐之才,拜相之后更是严肃端庄,因此深受皇帝器重
当时,田令孜掌握禁军,权势熏天,公卿百官无不畏服,只有萧遘不肯屈从
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