中国农业科学院北京畜牧兽医研究所科研部门根据2017年10月研究所官网显示，研究所拥有1个国家级重点实验室、3个国家级技术研发中心、1个国家级资源共享平台、2个农业部重点实验室、1个农业部评估实验室、2个农业部观测站、2个农业部检测中心、1个农科院重点实验室、1个农科院研究中心、1个农科院观测中心、以及6个研究所研究室，下属3个公司，其中，动物营养国家重点实验室是全国畜牧领域唯一一家国家级重点实验室；国家家养动物种质资源共享平台是科技部认定首批国家基础科技平台之一

建有位于北京市昌平区马池口镇和南口镇、内蒙古自治区鄂托克旗、河北省廊坊市广阳区等地的4个试验基地

 国家级重点实验室（1个）：动物营养学国家重点实验室国家级技术研发中心（3个）：国家昌平综合农业工程技术研究中心畜牧分中心、国家肉鸡产业技术研发中心、国家水禽产业技术研发中心国家级资源共享平台（1个）：国家家养动物种质资源共享平台农业部重点实验室（2个）：农业部动物营养与饲料学重点实验室（综合性）、农业部畜禽遗传资源与种质创新重点实验室（专业性）农业部评估实验室（1个）：农业部奶产品质量安全风险评估实验室（北京）农业部科学观测实验站（2个）：农业部华北动物遗传资源与营养科学观测实验站（区域性）、农业部兽用药物与兽医生物技术北京科学观测实验站（区域性）农业部检验检测中心（2个）：农业部奶及奶制品质量监督检验测试中心（北京）、农业部转基因动物及饲料安全监督检验测试中心（北京）中国农科院重点实验室（1个）：中国农业科学院牧草遗传改良与利用重点实验室中国农科院研究中心（1个）：中国农业科学院奶产品质量安全风险评估研究中心中国农科院试验观测中心（1个）：中国农业科学院鄂托克旗牧草资源与育种野外科学试验观测 下属公司（3个）：北京中畜阳光科技发展有限公司、北京华谷生物营养科技发展有限公司、北京中畜阳光东方草业科技有限责任公司研究所研究室（6个）：动物营养与饲料研究室、遗传资源与育种研究室、生物技术与繁殖研究室、草业科学研究室、动物医学研究室、畜产品质量与安全研究室 

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