杨恭仁效忠隋朝开皇元年(581年),杨坚建立隋朝
杨恭仁成为皇族远亲,进拜成安郡开国公,加授左宗卫车骑将军
仁寿三年(603年),杨恭仁出任甘州刺史
他施政宽和,使得治下胡汉百姓各安其所,深得边民之心
隋文帝非常赞赏,对杨雄道:“这不单单是朕任用得人,也是你教子有方所致
”是年末,杨恭仁被征召回朝,担任宗正少卿
大业五年(609年),杨恭仁调任工部侍郎,次年又改任吏部侍郎
大业九年(613年),杨恭仁改任谒者大夫
当时,礼部尚书杨玄感起兵反隋,隋炀帝特命杨恭仁负责征讨事宜
杨恭仁在破陵大败叛军,随后又与屈突通追击至阌乡,擒获杨玄感、杨积善兄弟,因功进授正议大夫
大业十二年(616年),隋炀帝巡幸江都
当时,裴蕴与苏威、宇文述、裴矩、虞世基共掌朝政,排斥异己
杨恭仁因素来廉正,遭到他们的排挤,被外放为河南道大使,负责“讨捕盗贼”
他行至谯郡,被朱粲所部义军击败,只得逃回江都
大业十四年(618年),宇文化及发动江都兵变,弑杀隋炀帝,另立秦王杨浩为皇帝,自任大丞相,并以杨恭仁为吏部尚书
不久,杨恭仁随宇文化及逃至河北,驻守于魏县
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